ストーリー紹介。
平凡な高校生だった深町晶は偶然ユニットＧと呼ばれる物体と接触、
ガイバーとなってしまい、謎の秘密結社クロノスとの戦う事になってしまった。
手にした力の強大さにとまどいつつも、
戦い続ける晶だったが、
天敵、エンザイムに破れ、消滅してしまうガイバーⅠ。
が、コントロールメタルに付着した細胞の一片からクローン再生が行われ、
ガイバーⅠは奇跡の復活を遂げる。
ガイバーⅢの暗躍もあり、日本支部は壊滅するが、
クロノスの魔手はついに瀬川兄妹ばかりか父深町史雄にまで襲いかかる。
損種実験体（ロストナンバーズ）との戦いの中、
ルポライターを名乗る謎の男、村上征樹と知り合い、
捕らわれた哲郎、瑞紀、父親を救出すべく
クロノスの遺跡基地、魅奈神山へと向かう晶。
卑劣なクロノスの策謀の結果、
エンザイムⅡに調製されてしまった父深町史雄を
殺してしまい、殖装不能に陥る晶。
この危機を救うべくついに獣神将試作体という正体を明かす村上。
彼の語る人類創世と強殖装甲の秘密。
その壮絶な真実に戦慄する一行を総司令ギュオーが強襲、
圧倒的な攻撃で一行は・・・。
その場を離れていた晶と瑞紀は二人だけで逃げまどうこととなる。
だが、仲間達の恨みを晴らすべく晶をつけ狙う
アプトムの攻撃にさらされ、瑞紀が危機に陥った時、
最愛の少女を護るため、晶は殖装能力を取り戻す。
ギュオーの攻撃から辛くも逃れた巻島達は、
遺跡基地最下層の研究スタッフ達にかくまわれていた。
巻島の案内で晶と瑞紀も最下層へと身を隠す。
最下層に眠る遺跡宇宙船を操る事に成功した晶達は
遺跡宇宙船とともに遺跡基地より脱出をはかる。
その頃クロノス総帥アルカンフェルが遺跡基地に降臨、
叛意を咎められたギュオーは疑似ブラックホールという
禁断技まで使ってアルカンフェルを退けるが、
最下層へと落下、脱出寸前のガイバー一行と鉢合わせしてしまう。
殖装解除装置リムーバーを手に襲いかかるギュオーと、
最後の戦いに望む村上だったが、善戦空しく倒れる。
アルカンフェルはギュオーからゾアクリスタルをえぐり取り、
Ｗガイバーの放ったメガスマッシャーを反転照射、
Ｗガイバーと遺跡宇宙船は消滅するのだった。
魅奈神山遺跡基地壊滅から一月ほど後、
ついにクロノスは全世界へと牙を剥いた。
わずか一日足らずで世界はクロノスの手に落ちてしまった。
クロノスの地球制圧から一年、東京の片隅で
潜伏生活を続ける哲郎達はガイバーの生存を信じ、晶の帰りを待ち望んでいた。
そんな彼らを密かに護るのはアプトム。
そんなアプトムに彼に恨みを持つゼクトールが襲いかかる。
アプトムとゼクトールの戦いを
晶の帰還と思いこんだ哲郎達も現場に駆けつけ、
彼らも危機に陥ってしまう。
そこへ飛来したのは「蛹」とガイバーⅢ。
そして、「蛹」の中から現れたのは、
仲間を守る強さを望んだ晶の生み出したギガンティックガイバー。
クロノスへの反撃の第一歩として日本支部クラウドゲートを
強襲するＷガイバー。
しかし、そこにいたのは十二神将の一人となった村上征樹だった。
かつての仲間とどうしても戦う事が出来ない晶。
イマカラム・ミラービリス（村上）とエンザイムⅢの猛撃の中、
ギガンティックの力を手にするガイバーⅢ、
ギガンティックダークの誕生である。
イマカラムの最終武器疑似ブラックホールをも退け、
勝利するギガンティックダーク。
イマカラムが破れた事により十二神将内部にも亀裂が生じ始めた。
クルメグニク、ジャービル、カブラールが独自に動き、
ギガンティックを捕らえるべく卑劣な罠を仕掛けたのだ。
戦いの最中、ギガンティックを顎人に剥ぎ取られ、
危機に陥ったガイバーⅠを逃がそうとしてクロノスの手に落ちるアプトム。
そして、三神将の裏切りを知ったプルクシュタールも葬り去られてしまう。
アメリカに戻った顎人は、自らの野望の為、ギガンティックの主導権を握り、
レジスタンスのメンバーをリベルタスへと調製、
自らを慕う志津をも上位調製体グリセルダとしてしまう。
彼らを従え、ピラーズオブヘブンを破壊、
次いで、アリゾナ本部基地をも強襲、
最下層に眠る降臨者の遺産「ウラヌスの聖櫃」を前に
バルカス、ワフェルダノス、リーエンツィと対峙する。
ギガンティックダークは、「聖櫃」内部のメタルスフィアを狙い三神将と激闘を繰り広げ、
戦闘中にガイバーⅠにギガンティックを
剥ぎ取られるというアクシデントはあったものの、
狙い通り「ウラヌスの聖櫃」の制御球を入手、
ワフェルダノス、リーエンツィの二神将を葬り去り、本部基地も自爆消滅する。
一方、晶は自分の身代わりに捕らわれたアプトムを救出すべく
速水と共にクラウドゲートへ潜入するが、
獣神将カブラールに操られ、異形と化したアプトムと戦わされる事に。
深町晶は、盟友アプトムを取り戻す為に死力を尽くして戦い、
ついに速水の生命と引き替えにアプトムの救出に成功する。
速水の言葉を胸にギガンティックを取り戻した晶は、
アプトムと共にカブラールの最終形態巨獣神（ドラグロード）に戦いを挑み、
ついにギガンティックの真の能力を解放、
巨神形態ギガンティックエクシードへと進化を遂げる。
エクシードに、マイクロブラックホールを撃ち込まれた巨獣神は消滅、
速水の能力を受け継いだアプトム・オメガブラストが
カブラールにトドメを刺したのだった。
エクシード出現とアリゾナ本部基地消滅より三ヶ月、
人々は民間人獣化兵の異常行動から、クロノスへの不審を募らせていた。
そんなクロノスに更なる混乱がもたらされる。
ゾアクリスタルを集める謎の黒騎士アポルオンの出現、
そして、監察官ヴァルキュリアが
義兄オズワルドを越えるには、彼を倒したガイバーⅠを倒すしかないと
秘密裏に開発されていた人造コントロールメタルを奪い、
女性殖装体ガイバーⅡＦ（フィーメイル）へと殖装したのだ。
来日した彼女をクロノスの捜索隊が襲うが、その戦闘の場に、
クルメグニクらに拾われ新たな戦闘能力を与えられた
ギュオーが乱入しヴァルキュリアと合流する。
ギガンティックを晶に奪い返された顎人は
独自のギガンティックダークを作り上げ晶に戦いを挑む。
戦いを拒否していた晶だが新宿をギガンティックダークのギガスマッシャーから守る為
エクシードとなる、そんな晶に満足する顎人。
彼は遺跡のメタルとコンタクトした際に何かを見てしまい
晶にすべてを託そうとしていたのだ。
その頃ガイバー不在の小田桐邸をギュオー率いるウーヌス達と
ヴァルキュリア＝ガイバーⅡＦが強襲、瀬川兄妹の拉致を目論む。
グリセルダとリベルタスが応戦するも
合体形態のウーヌスに劣勢へと追い込まれたリベルタス達は
ウーヌスを道連れに自爆を遂げ
かろうじてガイバーⅡＦを倒したグリセルダも重傷を負ってしまう。
燃えさかる小田桐邸でギュオーに迫られ絶体絶命の瀬川兄妹だったが、
突如出現したアポルオンにシラー島へと連れ去られてしまい
眠り続けるアルカンフェルと邂逅する事に。
小田桐邸を失い麻生宅に身を寄せた晶は
瀬川兄妹の行方に繋がるアポルオンの情報を得るため
アプトムとの合体形態ガイバーアプティオンとなってクラウドヘッドに潜入
獣神将シンと会見しクロノスと一時休戦、対アポルオンに関して協力体勢をとるのだった。
ギュオーの隠れ家を強襲したアポルオンと接触する事が出来たガイバーアプティオンだが
山火事消火の為にアプトムがエネルギーを使い果たし分離してしまう。
動けなくなったアプトムは、ガイバーⅡFと遭遇するが・・・。
ギガンティックとなったガイバーⅠは、
成り行きでアポルオンと共にギュオーを追撃するが取り逃がしてしまい、
瀬川兄妹がシラー島のレストハウスで
アルカンフェルと共に暮らしている事を聞き出せないまま逃走されてしまう。
一方顎人と志津はリベルタスを率いて
クルメグニク、ジャービルの潜むカラコルム基地を強襲する。
顎人は、合体して漆黒の魔神となった二神将に対抗する為に
ギガンティックエクシードダークネスへと進化するのだった。
